A Agência de Fomento Paulista atua também para o desenvolvimento dos municípios do Estado com linhas de crédito voltadas para a melhoria da qualidade de vida da população e o crescimento econômico dos municípios. Podem ser financiados projetos de implantação ou ampliação da malha viária, do parque industrial, de centros de comercialização ou distribuição agropecuária, além da construção ou reforma de arenas multiuso para eventos esportivos, econômicos, culturais e sociais. Além disso, a Agência de Fomento oferece uma linha específica para o financiamento de projetos voltado ao meio ambiente, adequada à Política Estadual de Mudança Climática. A Agência de Fomento Paulista também opera com linhas de financiamento do BNDES para os municípios do Estado de São Paulo.
Linha Economia Verde Municípios - LVM
Linha de financiamento para investimentos municipais destinados às melhorias ligadas diretamente ao meio ambiente, convergindo com a Política Estadual de Mudança Climática - PEMC.
Linha Arena Multiuso - LAM
Linha de financiamento para investimento municipal de infraestrutura destinado à construção ou adequação de Arenas Multiuso, locais destinados a eventos econômicos, expositivos e de convivência social, esportiva e cultural.
Linha Distrito Industrial - LDI
Linha de financiamento para investimento municipal destinado a adequação ou construção de distritos industriais, compreendendo-se a infraestrutura básica para a instalação de parques industriais.
Linha Distribuição e Abastecimento - LDA
Linha de financiamento para investimentos municipais destinados a construção ou adequação de centros agropecuários de distribuição e abastecimento, compreendendo-se a infraestrutura básica e de acabamento.
Via SP
Financia projetos destinados à execução de obras de pavimentação urbana, recape ou pavimentação de vicinais.
BNDES - PROVIAS
Financia a aquisição de máquinas e equipamentos utilizados exclusivamente para a execução de obras públicas de infraestrutura asfáltica, por meio de repasses do BNDES.
BNDES - PMAT
Financia projetos que visem à modernização da administração municipal para o aumento da eficiência na administração pública e a melhoria dos gastos.